Der charismatische Sektenführer Charles Manson (Gethin Anthony), der eisern an seiner Karriere als Musiker feilt, prophezeit ein "Helter Skelter", einen apokalyptischen Krieg, befeuert von den Spannungen zwischen Weißen und Schwarzen. Gleichzeitig erhält Sam Hodiak (David Duchovny), der weiterhin nach der verschwundenen Emma (Emma Dumont) forscht, rätselhafte Briefe mit Fotos von vermissten oder ermordeten jungen Frauen. Und während Manson und seine Hippie-Gefolgschaft auf den bestialischen Mord an der Schauspielerin Sharon Tate und ihren Freunden hinsteuern, kommt es zur Ermordung von Martin Luther King und über Los Angeles bricht eine Welle der Gewalt.
Die zweite Staffel "Aquarius" erzählt in 13 fesselnden Episoden von einem dunklen und blutigen Kapitel der Flower Power-Zeit, eingebettet in die Musik der Beatles und Rolling Stones.
