Schlüpfe in die Rolle von Shadow the Hedgehog, einem Rebellen, der von seiner dunklen und mysteriösen Vergangenheit eingeholt wird, und alleine darum kämpfen muss, seine wahre Identität herauszufinden. Seine einzige Hoffnung besteht darin, die sieben Chaos-Smaragde zu finden, um so die Geheimnisse seiner Vergangenheit aufzudecken und seine Zukunft wieder in die eigene Hand zu nehmen. Der Planet wird von mächtigen Aliens angegriffen und die Zukunft von Westopolis wird bedroht. Regierungstruppen kämpfen gegen jeden, dem sie nicht trauen. Dr. Eggman will die Chaos-Smaragde für seine finsteren Pläne und Sonic und seine Gang spielen auch ihre Rolle. Das wiederum bedeutet für Shadow, dass nicht viel Zeit bleibt, um sich für eine der Seiten zu entscheiden.
